Der Hafen Eckernfördes war bis zum Bau des Nord-Ostsee-Kanals von hoher Bedeutung, insbesondere für die Rendsburger Kaufleute. Neben den Folgen des Kanal-Baus hat der Hafen zuletzt auch durch die Einschränkung des zollfreien Bordverkaufs und damit Wegfall der berühmten “Butterfahrten” an Bedeutung verloren. Auch der im 19. Jahrhundert aufgeblühte Wirtschaftszweig Fischfang und Fischverarbeitung ist zurückgegangen.

Wann Eckernförde als südöstlichste Stadt des Herzogtums Schleswig genau gegründet wurde, ist nicht mehr nachvollziehbar – als im Krieg des Dänenkönigs Erich von Pommern 1416 gegen die Grafen von Holstein die Stadt niedergebrannt wurde, gingen alle schriftlichen Quellen verloren. Bekannt ist lediglich, daß der Name “Ekerenvorde” erstmals 1197 erwähnt wurde. Mitte des dreizehnten Jahrhunderts wurde von im “Erdbuch” von König Waldemar II. eine Eichhörnchenburg (“Ykernaeburgh”) erwähnt, die hier Ende des zwölften Jahrhunderts von den Dänen errichteten worden sein soll.
In einer der Herkunftserklärungen für den Stadtnamen spielen Eichhörnchen auch eine Rolle: Viele sehen im ersten Namensteil “Eckern” einen Hinweis auf Buchen sehen, die im heutigen Stadtgebiet ein großes Waldgebiet bildeten. Daraus abgeleitet findet sich das springende Eichhörnchen (dänisch: egern) im Stadtwappen wieder.

Eckernförde wurde 1302 erstmals als Stadt erwähnt, als das Stadtrecht schriftlich festgehalten und an die Privilegien des Nachbarschaft in Schleswig angelehnt wurde.

Das Herzogtum Schleswig stand seit 1231 unter den Nachkommen einer Nebenlinie des dänischen Königs Abel und kam – anders als die übrigen schleswigschen Fördestädte – fast vollständig in den Besitz adeliger Großgrundbesitzer. Somit war die Hafenstadt vor Allem für den Umschlag landwirtschaftlicher Erzeugnisse von großer Wichtigkeit.

Nach diversen “Auftritten” in der deutsch-dänischen Geschichte und damit auch einigen Auseinandersetzungen erlebte die Stadt im 18. Jahrhundert ihre erste wirtschaftliche Blütezeit als Standort für Industrie und Fischerei. Zu großer Bekanntheit kam dabei besonders Fabrikant und Kaufmann Friedrich Wilhelm Otte, dessen Familie 17 der 36 in Eckernförde stationierten Handelsschuffe ihr Eigen nannte. Sie gründete neben Ziegeleien und einer Wollfabrik auch Fayence-Manufakturen, deren Produkte zu internationalem Ruf kamen und auch heute noch sehr begehrt sind.

Die touristische Tradition Eckernfördes nahm erst Mitte des 19. Jahrhunderts ihren Anfang, als im mittlerweile eingemeindeten Fischerort Borby ein Seebad gegründet wurde. Dennoch blieb aufgrund der günstigen Lage des Hafens die Fischerei bis ins späte 20. Jahrhunderts ein wichtiger Wirtschaftsfaktor, so daß vor Allem Räuchereibetriebe die Stadt überregional bekannt machten. Heute wissen nur noch “Insider”, daß die berühmte “Kieler Sprotte” eigentlich aus Eckernförde kommt.

Mit dem Ausbruch des Bürgerkriegs im Herzogtum Schleswig kamen 1848 wieder turbulente Zeiten für die Fördestadt.
Zuerst fiel sie unter die Herrschaft der Schleswig-Holsteiner, um dann 1850 nach deren endgültigen Niederlage wieder unter dänische Krone zu geraten. 1864 erfolgte die Lostrennung von der dänischen Monarche, was für Eckernförde zur Einbuße des Großteils des Handelsaufkommens bedeutete, so daß die Stadt immer mehr in den Schatten des aufblühenden Marinestandortes Kiel geriet.

1872 trug die Stadt bei der großen Sturmflut im November von allen Ostsee-Städten den größten Schaden davon. Aufgrund Lage an der Spitze der weit nach Nord-Osten geöffneten Bucht – früher so oft als wirtschaftlicher Vorteil geschätzt – war die Stadt quasi ungeschützt und blieb tagelang meterhoch überflutet.

Eckernförde ist seit 1912 Garnisonsstadt und Marinestützpunkt. 1934 erfolgte die Eingemeindung des Seebads Borby.
Noch bis 1970 war Eckernförde Kreisstadt des gleichnamigen Landkreises, verlor diesen Status allerdings im Zuge des Zusammenschlusses mit und an Rendsburg.

Heute ist Eckernförde vor Allem touristisches Zentrum an der Ostseeküste. Auch der Hafen hat größtenteils nur noch touristische Bedeutung – wie beispielsweise für den Fischmarkt am ersten Sonntag jeden Monats oder die jährlich stattfindenden Events “Piratentage”, “Sprottentage” und “Aalregatta” (früher Eröffnung der Kieler Woche).